Aké boli počiatky kresťanského života v Skalici, ani kedy a akým spôsobom vznikla samostatná farnosť, nie je známe. Zaujímavé sú legendárne rozprávania o styku naších predkov s misiou sv. Cyrila a Metoda. Je však celkom reálne, že naši predkovia vo Veľkomoravských centrách sa s ňou pri trhoch a podobných podujatiach môhli stretnúť, ani sa nedá vylúčiť návšteva sv. Metoda prípadne aj sv. Cyrila a ich žiakov v Skalici. Rotunda sv. Juraja pochádza najneskôr z 12. storočia a to je hmatateľný dôkaz toho, že už vtedy tu bolo živé spoločenstvo kresťanov.

Z útržkovitého odpisu listiny ostrihomského arcibiskupa, kardinála Dionýza, uloženého v archíve v Skalici, napísaného po latinsky, sa dozvedáme, že Skaličania prosili ostrihomského arcibiskupa o pomoc pri oprave farského kostola sv. Michala, pretože bol v prvej polovici 15. storočia rozborený. Nie je jasné kto bol pôvodcom devastácie farského kostola, len sa dozvedáme, že Skaličania sa ešte pred r.1450 pustili do jeho rekonštrukcie a do roku 1470 prestavali zdevastovaný jednoloďový farský kostol na mieste ešte staršieho menšieho kostola, na trojloďovú baziliku. Vizitácie farnosti z rokov 1756, 1817 a 1824 uvádzajú rok vzniku kostola 1021 a vizitácia z roku 1851 rok 1460.

Prvé správy o farároch máme zo šestnásteho storočia. Kánonické vizitácie z rokov 1560 a 1561 výslovne zdôrazňujú pravovernosť farára Andreja.

Do skalickej farnosti vždy patrili aj priľahlé obce Mokrý Háj z kostolom Všetkých svätých z roku 1852, pôvodný kostol stál na cintoríne, Prietržka s klasistickým kostolom sv. Alžbety z roku 1832 a Vrádište s klasistickým kostolom sv. Anny z roku 1754.