S jeho výstavbou sa začalo pravdepodobne po roku 1372, ale nie je vylúčené, že na základoch staršej stavby. Pôvodne jednoloďový kostol bol v období neskorej gotiky (1450-1470) prestavaný na trojloďovú baziliku. Kostol viackrát vyhorel, bol prestavovaný a opravovaný. Pôvodnú stavbu doplnila charakteristická mohutná veža s neskororenesančnou arkádou, bočné lode zaklenuli barokovými krížovými klenbami a hlavnú loď valenými klenbami a lunetami. Bohatý interiér, oltárna architektúra a výzdoba pochádza prevažne zo 17. a 18. storočia. Oltárny obraz je od viedenského maliara Františka Antona Maulbertscha. V kostole pozornosť upútajú svojou drevorezbou lavice z prvej polovice 18. storočia, dve intarzované spovednice, secesný luster, 9 bočných cechových oltárov. Kostol je dominantou netradičného trojuholníkového námestia.

Dominantnú stavbu námestia dopĺňa karner sv.Anny, ktorý v minulosti slúžil aj ako pohrebisko, neskôr pre prípravu zomretých k pohrebným slávnostiam.

Kostol a kláštor sa začali stavať v roku 1467. Kostol bol vysvätený v roku 1484. Františkáni v Skalici pôsobili až do roku 1950, kedy boli odtiaľ násilne vysídlení. Po roku 1989 sa o svoj majetok prihlásili v rámci cirkevných reštitúcií. Budovy kostola i kláštora boli v uplynulých storočiach niekoľkokrát prestavované a rozširované. V roku 1993 sa uskutočnila náročná rekonštrukcia priestoru lode kostola. Pri tejto príležitosti tu bola nájdená kamenná doska s neskorogotickým textom - najstarším zachovaným nápisom v Skalici z roku 1488 (v súčasnosti sa nachádza pri vstupe do kostola).

V polovici 17. storočia bol na Potočnej ulici vybudovaný pôvodne evanjelický kostol, ktorý ešte v tom istom storočí prešiel do rúk rádu jezuitov. V roku 1700 ho osídlili karmelitáni, ktorí postavili kláštor a založili lekáreň (1711). Karmelitánov po zlikvidovaní ich rehole koncom 18. storočia vystriedali milosrdní bratia. Milosrdní bratia tu pôsobili až do roku 1950. V kostole je umiestnená i Loretánska kaplnka so vzácnou sochou Panny Márie Loretánskej pochádzajúcej z Viedne.

V dolnej časti Skalického námestia je umiestnený Jezuitský kostol, hneď vedľa gymnázia, založeného tiež bratmi Jezuitmi. Momentálne sa tento kostol s výbornou akustikou (podľa odborníkov najlepšou v strednej Európe) využíva na kultúrne akcie.

Paulínsky kostolík, momentálne nevyužitý, sa nachádza na Potočnej ulici, na aleji smerujúcej ku Skalickej kalvárii s miestnym cintorínom. V minulosti sa často využíval na slávenie zádušných svätých omší po pohreboch.

Kostolík sv. Františka Xaverského je umiestnený v tichej časti mesta, v Skalickom hájku. Veľmi dlhú dobu nebol využívaný na cirkevné účely. Momentálne sa v jeho blízkosti rozrástla bytová výstavba a tiež tu vyrástol i nový hotel. Na jeseň roku 2006 bol kostolík znovu vysvätený pri príležitosti osláv sviatku sv.Františka Xaverského.

Kaplnky sv. Alžbety je súčasťou bývalého mestského chudobinca - štíbora. Umiestnená je blízko centra mesta.